MISE À JOUR DE LA DOCTRINE ADMINISTRATIVE CIR / CII / CIC DU
13 AOÛT 2025

Le 13 août 2025, le Bulletin Officiel des Finances Publiques (BOFiP) relatif aux trois principaux dispositifs d’aides indirectes au financement de l’innovation, à savoir le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), le Crédit d’Impôt Innovation (CII) et le Crédit d’Impôt Collection (CIC), a été mis à jour.

Cette mise à jour acte au sein de la doctrine administrative des principaux impacts de la Loi de Finances pour 2025 sur la fiscalité de l’innovation.

CIR :

Les dépenses de prise, maintenance et défense de brevets ou de certificats d’obtention végétale (COV), les dotations aux amortissements de brevets ou de COV, ainsi que les dépenses de veille technologique exposées depuis le 15 février 2025 sont ainsi inéligibles au dispositif.

Le doublement des dépenses de personnel, ainsi que des frais de fonctionnement relatifs à l’embauche d’un jeune docteur ne sont également plus éligibles depuis le 15 février 2025.

À compter de cette même date, le taux des frais de fonctionnement est abaissé à 40% (contre 43% jusqu’au 14 février 2025).

En pratique, cela signifie que deux modes de calculs du CIR devraient coexister pour le CIR de l’année civile 2025.

La mise à jour acte également de la clarification proposée par le législateur au titre des subventions en précisant que Bpifrance est une personne morale de droit privé chargée d’une mission de service public.
En revanche, l’ajout de cette précision ainsi que la mention que ces dispositions s’appliquent à compter du 15 février 2025 laisse un flottement sur le statut des aides financées par Bpifrance depuis la décision du Conseil d’État rendue le 12 juillet 2023 (n°463363) jusqu’à cette date.

Une clarification aurait été bienvenue, tant sur ce sujet que sur la décision de la Cour Administrative d’Appel de Lyon du 21 septembre 2023 (n°21LY03203), qui avait retenu qu’une subvention accordée à raison d’une opération de R&D éligible au bénéfice du CIR devait être déduite intégralement, même si toutes les dépenses exposées dans le cadre de cette opération ne sont pas elles-mêmes éligibles au CIR.

Bercy a cependant choisi de rester silencieux sur ces problématiques.

Au-delà de ces mises à jour liées à la promulgation de la Loi de Finances pour 2025, le BOFiP a été actualisé de quelques sujets mineurs :

• L’analyse des connaissances est ajoutée à la description de ce qui constitue une opération de R&D ;
• Reconnaissance de la possibilité de bénéficier du CIR ainsi que du Crédit d’impôt en faveur de la Recherche Collaborative (CICo) au titre des bénéfices agricoles (avec un renvoi aux règles relatives aux bénéfices industriels et commerciaux) ;
• Suppression de la description de l’ancien régime applicable aux dépenses de sous-traitance ;
• Ajout d’une mention assez logique pour les biens en crédit-bail éligibles partiellement :
  « En cas d’utilisation mixte d’un bien financé par crédit-bail pour la réalisation d’opérations de recherche et de fabrication, les amortissements sont pris en compte au prorata du temps effectif d’utilisation du bien pour la réalisation d’opérations de recherche, à condition que l’entreprise puisse déterminer avec précision le temps d’utilisation du bien à des fins de recherche » ;
• Confirmation de l’exclusion de la contribution additionnelle de la rémunération éligible au titre du CIR ;
• Ajout d’un renvoi au rescrit relatif au portage salarial.

CII :

Quant au CII, bien qu’il ait été prolongé au titre des dépenses exposées jusqu’au 31 décembre 2027, son taux évolue, passant de 30 à 20%.

S’agissant de son assiette, elle va nettement se distinguer de celle du CIR :

• Absence de frais de fonctionnement ;
• Intégration des dépenses supprimées de l’assiette de calcul du CIR (relatives aux brevets/COV).
  Ainsi, les dépenses de prise, maintenance, défense de brevet, COV, dessins et modèles, ainsi que les dotations aux amortissements de brevets restent éligibles au CII !

CIC :

Le CIC a également été prolongé au titre des dépenses exposées jusqu’au 31 décembre 2027.
Et la mise à jour doctrinale a permis l’actualisation du plafond des aides soumises au règlement de minimis, porté depuis le 1er janvier 2024 à 300.000 euros sur trois années glissantes (contre 200.000€).