Crédit d’impôt recherche |
Déduction des factures du sous-traitant

En application de l’article 244 quater B, II-d bis du Code général des impôts, les dépenses exposées auprès d’organismes de recherche privés agréés peuvent être incluses dans l’assiette du crédit d’impôt recherche (ci-après « CIR ») lorsqu’elles sont afférentes à des opérations de recherche. Corrélativement, et afin d’éviter qu’une même dépense de R&D soit prise en compte deux fois, l’organisme sous-traitant agréé doit déduire de sa propre assiette CIR les montants facturés au donneur d’ordre en contrepartie des travaux effectués (article 244 quater B, III du Code général des impôts). Cette règle comporte toutefois une exception : lorsque le donneur d’ordre est lui-même dans l’incapacité juridique de bénéficier du CIR. En pratique, cela concerne les entités ne remplissant pas les conditions de l’article 244 quater B du CGI.

Cette déduction pose ainsi un problème quant à sa substance. En effet, les travaux réalisés sont obligatoirement refacturés avec marge (dans le cas contraire, l’organisme agréé effectuerait un acte anormal de gestion). Or, si le sous-traitant déduit la totalité de ces factures, une partie de ces montants viendra en déduction des dépenses CIR des projets potentiellement suivis en interne, ce reliquat de déduction étant dû à la marge effectuée devant être déduite. Dans l’absolu, le CIR calculé sur les projets de R&D internes pourrait alors être intégralement annihilé selon l’importance de l’activité du sous-traitant et de la marge appliquée ou de la méthode de facturation choisie (le forfait pour exemple).

Selon la doctrine administrative, l’ensemble des factures doit être déduit, marge comprise : BOI-BIC-RICI-10-10-20-30 § 220.

Or, par une décision du 09 septembre 2020 n°440523, le Conseil d’État, se positionnant sur une question prioritaire de constitutionnalité, précise que le mécanisme de déduction ne constitue pas une entorse au principe de libre entreprise ni n’instaure de différence de traitement. En revanche, selon la lecture du Conseil d’État desdites dispositions, ces dernières interdisent à l’entreprise agréée d’inclure dans la base de calcul de son propre crédit d’impôt recherche les dépenses exposées pour réaliser des opérations de recherche pour le compte de tiers. En effet, le Conseil d’État estime que « s’agissant des organismes de recherche sous-traitants, ils ne peuvent inclure les dépenses exposées pour réaliser de telles opérations dans la base de calcul de leur crédit d’impôt recherche« . Ainsi, en aucune façon, ces dispositions ne sauraient être lues comme imposant à ces organismes de recherche de déduire de l’assiette de leur crédit d’impôt la fraction des sommes facturées à des donneurs d’ordre pour la réalisation d’opérations de recherche pour le compte de ces derniers qui excèderait le montant des dépenses de recherche éligibles afférentes à ces mêmes opérations.

Le Conseil d’État en conclu que les commentaires administratifs, en obligeant de déduire l’intégralité des factures, marge comprise, interprètent à tort la loi fiscale. En conséquence, ces commentaires administratifs doivent être annulés.

En d’autres termes, cette décision, nouvelle en la matière, permet aux entreprises agréées de ne pas inclure dans la base de calcul de leur CIR les projets effectués pour des tiers. Les problématiques de déduction des factures, comportant une marge, deviennent alors non-avenues.